歴史修正主義者が蔓延る様になった今、猫の手も借りたい程に政府は焦りを見せていた。各地にある本丸の数に対し審神者及び刀剣男士等が生活しているのは約五割。残りの五割の内一割はブラック本丸となり、審神者が摘発され刀剣男士のみが生活する本丸となっていた。本来ならば解体されるであろうその本丸も、レア刀が多い等の理由で残されているものも多い。
だからと言ってそのまま残すという訳にもいかず、政府は刀剣男士等に話を持ち掛けることにした。刀解しない代わりとして新たな審神者を育てる為に協力をして欲しい、と。
そうして出来たのが審神者養成学校である。初めは人間に協力するなんて、と渋っていた刀剣男士等も漸く会えた兄弟達と離される恐怖に渋々応じたのだった。
これはそんな一癖も二癖もある刀剣男士と、審神者となるべく努力している審神者候補生達の物語である。
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